Paleobiology Database (PBDB) berasal dari inisiatif Phanerozoic Marine Paleofaunal Database biayaan oleh NCEAS, yang beroperasi dari Ogos 1998 hingga Ogos 2000. Dari 2000 hingga 2015, PBDB menerima pembiayaan daripada Yayasan Sains Kebangsaan. PBDB juga menerima sokongan daripada Majlis Penyelidikan Australia. Dari 2000 hingga 2010, ia ditempatkan di Pusat Analisis dan Sintesis Ekologi Kebangsaan,[1] pusat penyelidikan rentas disiplin di Universiti California, Santa Barbara. Ia kini ditempatkan di Universiti Wisconsin-Madison dan diawasi oleh jawatankuasa antarabangsa penyumbang data utama.